MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR05

Total Repeats: 400

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014737	GCC	2	6	534	539	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122740
2	NC_014737	ATG	2	6	606	611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313122740
3	NC_014737	TCC	2	6	615	620	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122740
4	NC_014737	CGA	2	6	640	645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122740
5	NC_014737	TCG	2	6	658	663	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
6	NC_014737	CGG	2	6	705	710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122740
7	NC_014737	ATC	2	6	711	716	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	313122740
8	NC_014737	CG	3	6	771	776	0 %	0 %	50 %	50 %	313122740
9	NC_014737	CAG	2	6	783	788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122740
10	NC_014737	GAG	2	6	794	799	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122740
11	NC_014737	TCG	2	6	825	830	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
12	NC_014737	TCG	2	6	864	869	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
13	NC_014737	ATG	2	6	873	878	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313122740
14	NC_014737	GAC	2	6	879	884	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122740
15	NC_014737	GTG	2	6	887	892	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	313122740
16	NC_014737	ACC	2	6	928	933	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	313122740
17	NC_014737	GTC	2	6	947	952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
18	NC_014737	CGT	2	6	970	975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
19	NC_014737	GAC	2	6	1037	1042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122740
20	NC_014737	AGG	2	6	1062	1067	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122740
21	NC_014737	GAC	2	6	1100	1105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122740
22	NC_014737	TCC	2	6	1119	1124	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122740
23	NC_014737	GCAG	2	8	1195	1202	25 %	0 %	50 %	25 %	313122740
24	NC_014737	GC	3	6	1251	1256	0 %	0 %	50 %	50 %	313122740
25	NC_014737	GTT	2	6	1271	1276	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	313122740
26	NC_014737	GCCA	2	8	1296	1303	25 %	0 %	25 %	50 %	313122740
27	NC_014737	CGG	2	6	1331	1336	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122740
28	NC_014737	CAGC	2	8	1342	1349	25 %	0 %	25 %	50 %	313122740
29	NC_014737	CCG	2	6	1359	1364	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122740
30	NC_014737	GAT	2	6	1403	1408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313122740
31	NC_014737	CTT	2	6	1421	1426	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	313122740
32	NC_014737	GTC	2	6	1541	1546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
33	NC_014737	CGT	2	6	1580	1585	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
34	NC_014737	GGT	2	6	1634	1639	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	313122740
35	NC_014737	TG	3	6	1653	1658	0 %	50 %	50 %	0 %	313122740
36	NC_014737	TCTTCC	2	12	1697	1708	0 %	50 %	0 %	50 %	313122741
37	NC_014737	CGA	2	6	1782	1787	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122741
38	NC_014737	CGT	2	6	1818	1823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122741
39	NC_014737	AGG	2	6	1853	1858	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122741
40	NC_014737	GA	3	6	1866	1871	50 %	0 %	50 %	0 %	313122741
41	NC_014737	TGA	2	6	1896	1901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313122741
42	NC_014737	ACG	2	6	1923	1928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122741
43	NC_014737	GAG	2	6	1954	1959	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122741
44	NC_014737	CTC	3	9	1960	1968	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122741
45	NC_014737	CTC	2	6	2023	2028	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122741
46	NC_014737	GTCG	2	8	2053	2060	0 %	25 %	50 %	25 %	313122741
47	NC_014737	TTC	2	6	2105	2110	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	313122741
48	NC_014737	AGG	2	6	2144	2149	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122741
49	NC_014737	GGTC	2	8	2193	2200	0 %	25 %	50 %	25 %	313122741
50	NC_014737	TCG	2	6	2204	2209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122741
51	NC_014737	CGA	2	6	2235	2240	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122741
52	NC_014737	CGA	2	6	2265	2270	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122741
53	NC_014737	TCG	2	6	2288	2293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122741
54	NC_014737	CCT	2	6	2322	2327	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122741
55	NC_014737	CAG	2	6	2338	2343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122741
56	NC_014737	GAC	2	6	2351	2356	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122741
57	NC_014737	GTC	2	6	2386	2391	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122741
58	NC_014737	CGGT	2	8	2444	2451	0 %	25 %	50 %	25 %	313122741
59	NC_014737	GTC	2	6	2490	2495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
60	NC_014737	CTCTTC	2	12	2496	2507	0 %	50 %	0 %	50 %	313122742
61	NC_014737	GCA	2	6	2564	2569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122742
62	NC_014737	AAC	2	6	2584	2589	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	313122742
63	NC_014737	TCG	2	6	2626	2631	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
64	NC_014737	CCT	2	6	2639	2644	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122742
65	NC_014737	GC	3	6	2668	2673	0 %	0 %	50 %	50 %	313122742
66	NC_014737	GAG	2	6	2766	2771	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122742
67	NC_014737	CTC	2	6	2796	2801	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122742
68	NC_014737	TCG	2	6	2839	2844	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
69	NC_014737	GACGGT	2	12	2847	2858	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313122742
70	NC_014737	GTC	2	6	2859	2864	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
71	NC_014737	GTC	2	6	2868	2873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
72	NC_014737	CCA	2	6	2948	2953	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	313122742
73	NC_014737	CGG	2	6	2969	2974	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122742
74	NC_014737	CTG	2	6	3060	3065	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
75	NC_014737	CGT	2	6	3074	3079	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
76	NC_014737	AGA	2	6	3119	3124	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	313122742
77	NC_014737	CG	3	6	3150	3155	0 %	0 %	50 %	50 %	313122742
78	NC_014737	TCG	2	6	3172	3177	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
79	NC_014737	CTC	3	9	3180	3188	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122742
80	NC_014737	GCGCA	2	10	3195	3204	20 %	0 %	40 %	40 %	313122742
81	NC_014737	CCGA	2	8	3207	3214	25 %	0 %	25 %	50 %	313122742
82	NC_014737	GC	3	6	3230	3235	0 %	0 %	50 %	50 %	313122742
83	NC_014737	GCT	2	6	3240	3245	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
84	NC_014737	CAG	2	6	3269	3274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122743
85	NC_014737	AGG	2	6	3327	3332	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122743
86	NC_014737	CAGC	2	8	3357	3364	25 %	0 %	25 %	50 %	313122743
87	NC_014737	GTC	2	6	3410	3415	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
88	NC_014737	TCG	2	6	3417	3422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
89	NC_014737	GTA	2	6	3449	3454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313122743
90	NC_014737	GAT	2	6	3461	3466	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313122743
91	NC_014737	CGT	2	6	3493	3498	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
92	NC_014737	CTC	2	6	3503	3508	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122743
93	NC_014737	GTC	2	6	3533	3538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
94	NC_014737	CAT	2	6	3623	3628	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	313122743
95	NC_014737	TCG	2	6	3684	3689	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
96	NC_014737	GC	4	8	3721	3728	0 %	0 %	50 %	50 %	313122743
97	NC_014737	CG	3	6	3737	3742	0 %	0 %	50 %	50 %	313122743
98	NC_014737	CAT	2	6	3749	3754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	313122743
99	NC_014737	GCC	2	6	3765	3770	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122743
100	NC_014737	CAT	3	9	3812	3820	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	313122743
101	NC_014737	TCG	2	6	3822	3827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
102	NC_014737	CTC	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122743
103	NC_014737	CTC	2	6	3902	3907	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122743
104	NC_014737	TCC	2	6	3912	3917	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122743
105	NC_014737	CGT	2	6	3920	3925	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
106	NC_014737	CTCGAC	2	12	3932	3943	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313122743
107	NC_014737	GC	3	6	4014	4019	0 %	0 %	50 %	50 %	313122743
108	NC_014737	AGTCGA	2	12	4183	4194	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313122743
109	NC_014737	GGGT	2	8	4275	4282	0 %	25 %	75 %	0 %	313122743
110	NC_014737	TTC	2	6	4331	4336	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	313122743
111	NC_014737	TCC	2	6	4371	4376	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122743
112	NC_014737	GGT	2	6	4377	4382	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	313122743
113	NC_014737	GAC	2	6	4859	4864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122744
114	NC_014737	CCG	2	6	4891	4896	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122744
115	NC_014737	TGGG	2	8	4897	4904	0 %	25 %	75 %	0 %	313122744
116	NC_014737	CCG	2	6	4908	4913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122744
117	NC_014737	CG	3	6	4918	4923	0 %	0 %	50 %	50 %	313122744
118	NC_014737	GAA	2	6	4955	4960	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	313122744
119	NC_014737	C	6	6	4999	5004	0 %	0 %	0 %	100 %	313122744
120	NC_014737	GTG	2	6	5058	5063	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	313122744
121	NC_014737	TCG	2	6	5111	5116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122745
122	NC_014737	CGG	2	6	5124	5129	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122745
123	NC_014737	CGT	3	9	5160	5168	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122745
124	NC_014737	CGC	2	6	5181	5186	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122745
125	NC_014737	CTG	2	6	5187	5192	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122745
126	NC_014737	GCT	2	6	5194	5199	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122745
127	NC_014737	CGA	2	6	5638	5643	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
128	NC_014737	CTC	2	6	5675	5680	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122746
129	NC_014737	CGA	2	6	5704	5709	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
130	NC_014737	CTC	2	6	5744	5749	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122746
131	NC_014737	GCC	2	6	5771	5776	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122746
132	NC_014737	GCGAAC	2	12	5804	5815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
133	NC_014737	GAC	2	6	5897	5902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
134	NC_014737	CGA	2	6	5929	5934	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
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137	NC_014737	GTC	2	6	5966	5971	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122746
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251	NC_014737	GACCGC	2	12	10032	10043	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313122748
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253	NC_014737	CGA	2	6	10088	10093	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122748
254	NC_014737	ACT	2	6	10105	10110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	313122748
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256	NC_014737	CACC	2	8	10659	10666	25 %	0 %	0 %	75 %	313122749
257	NC_014737	GGAA	2	8	10709	10716	50 %	0 %	50 %	0 %	313122749
258	NC_014737	GCC	2	6	10717	10722	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122749
259	NC_014737	CTC	2	6	10762	10767	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122749
260	NC_014737	CA	3	6	10768	10773	50 %	0 %	0 %	50 %	313122749
261	NC_014737	GAC	2	6	10785	10790	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122749
262	NC_014737	CGA	3	9	10824	10832	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122749
263	NC_014737	GAA	2	6	10911	10916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	313122749
264	NC_014737	CAC	2	6	10978	10983	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	313122749
265	NC_014737	TCC	2	6	11027	11032	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122749
266	NC_014737	ACT	2	6	11036	11041	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	313122749
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282	NC_014737	AC	3	6	11780	11785	50 %	0 %	0 %	50 %	313122750
283	NC_014737	TCGAGA	2	12	11815	11826	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313122750
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286	NC_014737	AGAGG	2	10	11915	11924	40 %	0 %	60 %	0 %	313122750
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290	NC_014737	CGA	2	6	12031	12036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122750
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383	NC_014737	GCG	2	6	16630	16635	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122760
384	NC_014737	TCC	2	6	16639	16644	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122760
385	NC_014737	GC	3	6	16775	16780	0 %	0 %	50 %	50 %	313122761
386	NC_014737	GAG	2	6	16813	16818	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122761
387	NC_014737	GAC	2	6	16819	16824	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122761
388	NC_014737	AGG	2	6	16874	16879	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122761
389	NC_014737	CGA	2	6	16884	16889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122761
390	NC_014737	CGA	3	9	16991	16999	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122762
391	NC_014737	CCG	2	6	17002	17007	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122762
392	NC_014737	CCGAC	2	10	17024	17033	20 %	0 %	20 %	60 %	313122762
393	NC_014737	GC	3	6	17039	17044	0 %	0 %	50 %	50 %	313122762
394	NC_014737	CGA	2	6	17069	17074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122762
395	NC_014737	GGA	2	6	17078	17083	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122762
396	NC_014737	CGA	2	6	17087	17092	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122762
397	NC_014737	GGA	2	6	17144	17149	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122762
398	NC_014737	CGA	3	9	17222	17230	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122762
399	NC_014737	CGA	2	6	17236	17241	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122762
400	NC_014737	ACCGAC	2	12	17246	17257	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	313122762

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.